在替換矩陣中,每個位置的打分是在相關(guān)蛋白局部比對模塊中觀察到的替換的頻率而獲得的,每個矩陣被修改成一個特殊的進化距離。
三個或多個序列之間的比對,如果序列在同一列有相同結(jié)構(gòu)位置的殘基和(或)祖?zhèn)鞯臍埢?,則會在該位置插入空位。